La Escuela de Medicina ofrece un bachillerato en Ciencias de la Salud, Licenciatura en Medicina y Cirugía y Doctorado Profesional en Medicina y Cirugía, que prepara al estudiante para la práctica de la medicina general integral, la atención primaria y los estudios de especialización y postgrado en diferentes campos de la medicina. En San Judas Tadeo se le da especial importancia a la metodología de solución de problemas de salud basada en evidencias científicas y a la adquisición de las competencias profesionales para la atención integral de las personas, de la familia y de la comunidad.

Primer Año

• Química 
• Métodos de la Investigación y la Bioestado
• Anatomía I 
• Histología I 
• Atención Primaria Ambiental I 
• Histología II (ME -104) 
• Embriología 
• Anatomía II (ME-103) 
• Biología Celular y Molecular(ME-101) 
• Salud Pública 

Segundo Año

• Genética Médica (ME-204)
• Fisiología I (ME-203) 
• Bioquímica I (ME-204) 
• Psicología Médica 
• Atención Primaria Ambiental II 
• Historia y Filosofía de la Medicina 
• Neurociencias (ME-203-302-303) 
• Bioquímica II (ME-303) 
• Fisiología II (ME-302) 
• Anatomía Patológica I (ME-201-203) 

Tercer Año

• Propedéutica Clínica y Fisiopatol. I (ME-203-403) 
• Anatomía Patológica II (ME-404) 
• Atención Primaria Ambiental III 
• Farmacología (ME-402, 403)
• Propedéutica Clínica y Fisiopatología II (ME501) 
• Parasitología (ME-201-203-501) 
• Microbiología (ME-201-203-501) 
• Epidemiología (ME-102)

Cuarto Año

• Radiología (ME-401)(ME-501) 
• Laboratorio Clínico(ME-402) 
• Inmunología (ME 402)
• Medicina Interna I (Teoría) (ME-601 
• Medicina Interna I (Práctica) (ME-601)
• Farmacología Clínica (ME504)
• Medicina Legal (ME-502) 
• Dermatología * (ME-704 / ME-705) 
• Medicina Interna II (Teoría)(ME-704/ ME-705-702) 
• Medicina Interna II (Práctica)*(ME-704 / ME-705-702) 
• Psiquiatría * (ME-704/ME-705)

Quinto Año

• Cirugía General (Teoría) (ME 803 / ME 804) 
• Cirugía Gral. (Práctica) * (ME-803/ ME-804) 
• Oftalmología (ME-803/ ME804) 
• Administración de la Salud (ME-205) 
• Ginecol. y Obst. (Teoría)(ME-901 / ME-902) 
• Ginecol. y Obst. (Práctica) * (ME-901 / ME-902) 
• Urología * (ME-901 / ME 902) 
• Deontología Médica (ME-601) 

Sexto Año

• Ortopedia (ME-901/ME-902) 
• Otorrinolaringología * (ME-901 / ME902) 
• Pediatría I (ME-901-902)
• Pediatría II (ME-901-902) 
• Medicina Comunitaria * ( ME-1001-1002) 
• Geriatría ( ME-1001-1002)